En 1865, il est reçu premier à l’agrégation d’histoire devant Ernest Lavisse. A l’occasion de son mariage à Olga Herzen, fille du révolutionnaire russe Alexandre Herzen, Nietzsche, ami de la mère adoptive d’Olga, lui fait cadeau d’une composition musicale.
En 1876, Monod fonde avec Gustave Fagniez la Revue Historique. La Revue est d’abord un organe de combat contre la Revue des Questions Historiques, animée par des aristocrates ultramontains et légitimistes. Elle défend aussi une certaine idée de la profession historienne, tels que le travail sur archives et la référence aux sources, et pose les premières bases de l’histoire méthodique telles qu’elles sont théorisées dans l’Introduction aux études historiques de Langlois et Seignobos.
Affichant une certaine neutralité au plan politique, la Revue historique est cependant proche du milieu protestant et franc-maçon, elle défendra la République opportuniste, celle de Ferry ou de Gambetta. Prototype de « l’intellectuel de gauche », Monod est par ailleurs un dreyfusard décidé.
Président de la IV° section de l’École pratique des hautes études, professeur à l’École normale supérieure en 1880 pour suppléer Lavisse, puis à la faculté des lettres de Paris en 1904, il est élu membre de l’Académie des sciences morales et politiques en 1897. À sa retraite en 1906, Monod reçoit une chaire au Collège de France, intitulée « histoire générale et méthode historique ».
Durant plus de trente ans, son influence sur la profession historienne reste très profonde. Monod ne possédait pas le charisme de Lavisse, son éternel alter ego (selon les contemporains, ses cours distillaient un ennui mortel), mais son impact sur l’historiographie reste cependant plus grand. Si l’Ecole des Annales a critiqué avec violence sa conception étriquée de l’histoire, une bonne part de ses méthodes de recherche garde encore aujourd’hui toute leur acuité.